Het verhaal gaat dat in Loenen in 1557 een kapel werd gebouwd van de stenen die overbleven van de bouw van het kasteel Ter Horst. Deze kapel was vermoedelijk gewijd aan Sint Franciscus.
Toen Gelderland in 1578 overging tot het protestantisme, leidde dat na enige jaren tot de sluiting van de kapel. Als vanouds waren de inwoners van Loenen weer aangewezen op de kerken in Beekbergen en Hall. Pas rond 1630 werd de kapel weer in gebruik genomen, nu als kerk voor protestantse erediensten. Een preekstoel en een klok van 540 kg. werden aangebracht. In de periode 1630-1652 werd eens in de twee weken in de kapel een dienst gehouden.
In 1653 kreeg Loenen een eigen predikant en werd daarmee een zelfstandige kerkelijke gemeente. Inmiddels was in de toren een tweede, zwaardere klok van 1000 kg. gekomen. Deze klok staat onder bescherming van Rijksmonumentenzorg en is vanaf april 1940 geregistreerd als een M-klok. Het betreffende document hangt in het portaal van de kerk. Bij de vordering van de klokken tijdens de Tweede Wereldoorlog is de klok door de Duitse Wehrmacht ontzien. De oudste, kleinere klok is in 1943 weggehaald, maar na de oorlog onbeschadigd in Duitsland teruggevonden en weer in de toren opgehangen.
Tot in de 19e eeuw behield de kapel haar oorspronkelijke vorm. Wel werd in 1774 een nieuwe preekstoel aangebracht.
In 1796, in de Franse tijd, werd de scheiding van kerk en staat uitgesproken. Dat had ondermeer tot gevolg dat alle kerktorens en –klokken vervielen aan de burgerlijke gemeente. Nog steeds is de toren –met klokken- het eigendom van de gemeente Apeldoorn. Vanwege de historische waarde is hij (het enig overgebleven gedeelte van de kapel uit 1557) een rijksmonument.
De laatste dienst in de oude kapel vond plaats in juni 1831. Het aanvankelijke plan om de toren af te breken werd verworpen. Er vond een uitbreiding in oostelijke richting plaats waarbij het oude koor werd afgebroken. Een uitbreiding van acht passen diep werd gerealiseerd, met rechte zijmuren zonder zijbeuken. De inwijding van de nieuwe kerk vond plaats op 30 oktober 1831.
Zo’n dertig jaar later bleek de kerk te klein. Er werden twee zijbeuken aangebouwd, waardoor het geheel een kruisvormige plattegrond kreeg. In het koor werd een consistoriekamer ingebouwd, waardoor de kerkruimte zelf een T-vorm gekregen heeft. De vernieuwde kerk werd op 1 december 1861 in gebruik genomen.
Toen in 1883 de Zondagsschool werd opgericht is in datzelfde jaar een bijgebouw tegen de kerk aangebouwd. Hier werden de eerste Zondagsschoollessen gegeven. Momenteel bevinden zich in deze ruimte de toiletten.
Ons kerkorgel is een bijzonder instrument. Het is in Westfalen gebouwd, waarschijnlijk in de tweede helft van de 17e eeuw. Het is het oudste kerkorgel in de gemeente Apeldoorn. De Loenense kerkvoogden kochten het in 1870 bij orgelmaker Leichel in Duisburg. De laatste grote restauratie vond plaats in 1975 onder advies van Klaas Bolt.
De kerk en de toren werden in het jaar 2009 grondig gerestaureerd. De kerk kwam het eerst gereed en werd tijdens de startdienst van 27 september 2009 door de gemeente op feestelijke wijze opnieuw in gebruik genomen.
Op 8 september 2010 werden kerk en toren door burgemeester G.J. de Graaf van Apeldoorn officieel geopend.
